由于事起仓猝，八个门楼被一举攻下，只有西直门兵士顽强，一直死守。
燕王派指挥唐云单骑谕降：“你们别自找多事，朝廷现在已经答应燕王自制北方。现在投兵，一概不问，稍有延迟，定斩不饶！”守门官兵一时惶急，不知真假，也都一哄而散。
仅仅两三日内，燕王朱棣已经搞掂整个北平城，朝廷派来的都指挥使余瑱和马宣身边士兵寥寥无几，一个退守居庸关，一个逃往蓟州。
明将宋忠率兵三万自开平奔至居庸关，深惧燕兵勇猛，这草包竟然退保怀来。
至此，燕王朱棣援引明太祖《祖训》：“朝无正臣，内有奸逆，必举兵诛讨，以清君侧之恶”，并以诛齐泰、黄子澄为名，称其军为“靖难之师”，正式举兵反叛。
建文君臣闻变，下诏削夺燕王属籍。双方开打。
朱棣起兵后，进军非常顺利。
大军甫至通州，据守的明将房胜就举城降附。燕将张玉很快攻陷蓟州，杀明将马宣；又破遵化，下密云。不久，又攻陷居庸关，明守将余瑱因援兵不至，弃城奔往在怀来扎营的宋忠。
龙虎决斗——“靖难之役”的六次大战
朱棣毕竟不是笼里养出的娇鸟。他自少年时代起就随朱元璋征战，成年后又独当一面，是久娴军旅的帅才。击走余瑱后，审时度势，朱棣认定明将宋忠拥数万兵于怀来，必会在建文帝诏旨催促下进据居庸关。因此，朱棣下令军队进前主动出击。
诸将不解，言道：“彼众我寡，难与争锋。不如乘关据守，待其来犯。”
朱棣力排众议：“宋忠部伍新集，军心不齐。应以智胜，不能力取。而且宋忠为人刚愎自用，轻躁寡谋，乘其犹豫首鼠之时，击之必破！”
言毕，朱棣率八千骑军精锐，卷甲倍道而行，直趋怀来。而且，他据鞍指挥，面有喜色。这些表现，均说明朱棣显然是成竹在胸。
本来，宋忠先在军中玩心理战，放言说明军在北平的家属皆为燕兵所杀，积尸满路，想藉此激怒属下将士死战。朱棣早已得知情报，他先派明军在北平的一帮子弟高举大旗为先锋，隔老远就呼兄唤弟，告知全家安康，阖门无恙。
朱忠手下北平籍的兵将皆心中大喜，相互传语：“宋都督骗我们。”很快，绝大部分北平籍明军倒戈跑掉。
宋忠无奈，只得率余众仓猝列阵。阵形未稳，朱棣的燕军已呐喊鼓噪冲过来，大呼向前。明军都指挥孙泰非常勇猛，策马迎着燕兵猛冲，杀伤不少燕兵燕将。朱棣忙找几个神射手上前，迎头就射，把孙泰射得遍体流血。孙将军一腔忠勇，不顾血流遍甲，奋呼陷阵而死。
孙泰一死，本来心里就发虚的明军见势不妙，纷纷溃逃，返奔入怀来城。燕军尾随追入，攻陷怀来，把宋忠、余瑱以及都指挥彭聚三人活捉，送至燕王马前。
此三将打仗虽不得力，却都是忠义之士，皆不屈被杀。见主将如此，被俘的一百多明军中级将校皆不肯投降，慷慨就死。
明初将士，多忠义之人，绝对不像明末的武将已被太平岁月腐化了意志，逮谁降谁。他们虽然被朱明同姓的燕王所擒，也能保持效忠中央朝廷的大节，确令后人敬重。
燕兵攻克怀来后，势如破竹，开平、龙门、上谷、云中皆不攻自破。不久，又攻陷永平。至此，朱棣的北平大后方根据地已成稳固之基，再无太大的后顾之忧，可以锐意南下。
北方军情如此紧急，建文君臣并没有十分在意，认为燕王朱棣只是侥幸得胜。当时，建文帝正锐意文治，天天与方孝孺等大学者、诸文臣们讨论《周官》法度。
黄子澄虽是书生出身，却也能看出燕兵来者不善，劝谏道：“燕兵素强，不早御之，恐河北尽失。”
至此，建文帝才派长兴侯耿炳文、驸马都尉李坚等人率师北伐，抵挡燕兵的进攻。黄子澄不放心，接着下令安陆侯吴杰、江阴侯吴高以及十多位都指挥使数道并进，号称百万，直趋北平方向进军，并飞檄山东、河南、山西三省助给军饷及后勤支持。
众将出发前，建文帝御大殿送行。如果是讲些“旗开得胜，马到成功”的官话废话都不打紧，偏偏建文帝饱读诗书，又是柔仁之主，他劝诫众将：“从前南朝梁国萧绎为了登上帝座，命令他的属下时有‘六门之内，自极兵威’（意思是怂勇他的手下趁乱杀掉他的三哥、侯景所立的简文帝萧纲）之语，这样的事情不祥至极。现在，你们这些将士将要和燕王对垒交战，千万注意不要杀伤燕王，不要使朕有杀叔父的坏名声留于后世。”——这种“谆谆”嘱托是建文帝一生以来最臭的一招棋。
燕王朱棣造反，威胁大明家国社稷，双方主力未接，皇帝竟讲明不能让这位“反贼”叔父有损伤，诸将投鼠忌器，兵士又不敢抱“擒贼先擒王，杀贼先杀头”之心，由此，就可以预见日后明军面对燕兵时的困窘之境。
大战之一——真定之役
建文元年（公元1399年）九月，明朝长兴侯耿炳文等人率三十万大军进驻真定，徐兵率兵十万驻河间，潘忠率数万军驻莫州，杨松率九千精兵为先锋进扎雄县，准备与潘忠会军攻打燕军。由此，明、燕两军的第一次大战——真定大战揭开序幕。
燕将张玉骁勇有谋，他先行化装对耿炳文明军进行了一番实地侦察，回营后向燕王朱棣报告：“耿炳文所率明军毫无纪律，自恃人多，杂乱布营。潘忠、杨松扼我军南路，应该先吃掉这两个人的部队。”
朱棣闻言大悦，亲自率兵至涿州。
他在娄桑稍作修整后，引军急渡白沟河。上岸后，他对诸将说：“今夜是中秋佳节，明军不知我军已至，必会饮酒作乐，乘他们不备，我们必破敌军！”
半夜，燕军静悄悄赶至雄县城下，缘城而上。
城内明军丝毫没有准备，酒酣刚刚入睡，忽闻刀枪呐喊之声，个个惊起。毕竟这些明军是先锋兵，只是思想麻痹，战斗力意志力并不弱，纷纷死战，但最终因枪械刀器不及操持，不敌武装到牙齿的燕兵。结果，杨松与其九千明兵全部战死，其上好骏马八千多匹也全为燕军所获。
朱棣并未在雄县城内大摆庆功宴。他预料到在莫州驻军的明将潘忠知道雄县有事必会提兵赶来增援，急命将领率千余人渡月样桥，在水中埋伏。诸将问因由，朱棣讲：“潘忠想不到雄县城这么容易被我攻陷，我们半路埋伏截击，必能活捉此将。”
潘忠闻先锋兵受到进攻，果然率军望雄县杀来。刚过月样桥，忽然望见对面远处燕军迎面冲来。正惊愕间，路旁火炮大作，从桥下水中乱窜出浑身是水的燕军，举刀朝明军乱剁。
潘忠想后撤，月样桥已被燕军所据，进退失据，明军掉落桥下溺死无数，潘忠本人也被燕兵生擒。
连番胜利，朱棣自己也觉喜出望外，急询众将下一步该怎么办。燕将张玉出主意：“应该直趋真定！我军新胜气锐，乘敌立足为稳，可一举击破！”
众人称善。
行至半路，耿炳文手下部将张保来降，告知说明军三十万部队中已有十三万先至滹沱河，分据南北两岸。
朱棣安抚张保，让他回转明营，以自己兵败被俘、乘间逃出为借口，作为燕兵进攻时的内应。
燕军诸将都觉不妥，认为应该乘敌不备，忽然袭取，不应该放回张保。
朱棣老谋深算，讲出自己的计策：
“明军分据河南、北两岸，说明他们已知道我军正往前进，有所准备。现在让张保回答告诉我们已经临近，明军必定把南岸的兵马全部调往北岸，并力与我军相战，这样我们可一举消灭南北两岸十三万明军。如果明军分屯南、北两岸，我军战胜北岸明军后，疲累喘息之际，南岸明军忽然进攻，我们必败无疑。而且，我们临阵向明军耀威，告知其雄县、莫县军队已经被歼，他们兵将定然气沮，可一举灭其威气。”
布置妥当后，燕王朱棣只率三骑至真定东门，突入明军运粮后勤部队，捉了两个“舌头”，一问，明军果然已经南营北移。
朱棣率数十轻骑，边呐喊边冲锋，绕出城西南，连搅明军两营。
耿炳文闻讯，赶忙率兵出迎，燕将张玉、马云、朱能等人率燕兵冲前奋击，朱棣率数百奇兵循城从背后夹击，一行人虎狼般横贯明军南阵。
明军立足未稳，一时大溃，耿炳文见己军已败，连忙往后撤退。
退至滹沱河东，耿炳文整残兵数万，重新列阵与燕兵对决。
燕将朱能举槊大呼，率先冲入明军阵中，燕兵也高呼狂叫，跟随主将入阵击杀。
明军见敌人勇猛，各自掉头逃命，自相蹂躏，死者无算。
耿炳文策马逃跑，直往真定城内窜奔。剩余跑得快的明军惊乱之间，争门而入，又挤死踩死许多，最终只有少数明军入城，放下沉重的城门，凭城固守。
明将吴杰等来援，还未及至，听说耿炳文大败，明军皆抱头鼠窜。
野战可以凭藉勇气一冲而胜，攻城却是另外一回事。燕军猛攻三日，真定城内明军死守。朱棣见燕兵已疲，反正已经旗开得胜，军心已稳，就率军回北平休整。
败讯传回京师，建文帝大怒，说：“耿炳文老将，竟一战而摧锋，以后怎么办！”
黄子澄安慰建文帝：“胜败乃兵家常事。现在再调五十万军队，齐围北平，以众击寡，必能克敌。”
黄子澄建议以李景隆替换耿炳文。