第三，实行赋制改革，推行“一条鞭法”。“一条鞭法”正义原为“一条编法”，后来，“鞭”“编”二字俗写或错借，逐渐成为“一条鞭法”，其原旨皆是本着“化繁为简”的原则，使均徭里甲与两税（赋）为一，以便消除蠹弊。主要内容有四点：1赋役合并；2田赋一概以银为征收手段；3以州县为单位计算赋役数额；4地方官直接征收赋役银两。一条鞭法最大的利处，在于打击土地兼并，减轻了无田或少田农民的负担，而使占田多的豪强不得不多交税。
第四，治理黄河。张居正在任，大用工部侍郎潘季驯，治理黄河极其有法。众人从实际情况出发，解决了不少历史难题，有效减少了黄河的水患。
另外可值称道的，是张居正当首辅时西藏达赖封贡的圆满完成。现在不少别有用心拔高“我大清”的史学者，皆极口夸赞清政府对西藏统治的“功绩”。其实，真要论功绩，最早也应该算在忽必烈头上而不是清帝头上。
明朝得国后，洪武六年（1373年）即诏封喃力吧藏卜等人，标志着明朝延续元朝对藏地的统治权。各地政教首领也知天顺命，纷纷上交元朝旧敕印换取明朝新敕印。此后，明朝在藏地采用“行都武卫制度”，设置朵甘、乌思藏行都指挥使司以及俄力思军民元帅府，通过行都武卫制度与册封地方首领两种方式有效管理藏地。
针对藏地几大宗教派别峙立的情况，明成祖很有成算，他弃用元朝尊帝帅力推一教的作法，多封众建，平衡和分化当地政教合一首领的威权。自1406年起，明朝在藏区分别封立阐化王、辅教王、护教王、阐教王，又封藏传佛教三大教派首领为“法王”。当时，明政府下力气最大推持的是噶吗噶派的“大宝法王”。1408年，明朝又邀新崛起的格鲁派创始人宗喀巴入京。
宗喀巴本人正在拉萨忙于传召大法会，忙派他的大弟子释迦也失入京朝觐。由于明廷赐与释迦也失大量财物，他回藏地后，格鲁派实力与威望大增。贡赐关系以及茶马互市，其实为藏地带来了大量的经济利益。
明朝早期对藏的统治，“统”实际上大过“治”。十六世纪前期，由于格鲁派保护者阐化王政权的衰亡，黑帽系噶吗噶派以及红帽系联合在一起大力压制格鲁派黄帽系。而到了十六世纪七十年代，哲蚌寺住持索南嘉措重振雄风，在青海会见了被明朝封为“顺义王”的蒙古俺答汗。俺答汗赠其“圣识一切瓦齐尔达喇达赖喇嘛”尊号。正是从这时开始，格鲁派索南嘉措的活佛转世系统开始出现“达赖喇嘛”之称。
透过俺答汗，索南嘉措上书申请与大明王朝建立贡赐关系。明廷反响积极，派官员授他为“朵儿只唱”（即俺答汗所授尊号中“瓦齐尔达喇”的藏语音译，蒙语为“金刚持”之意）。由此，明政府文件中开始以“答赖”（达赖）称呼索南嘉措。他死后，格鲁派追认宗喀巴弟子根敦主巴为第一世达赖，根敦主巴门徒根敦嘉措为二世达赖，而身为根敦巴措弟子的索南嘉措为三世达赖。清朝日后也是继承和发展了达赖册封的制度。
索南加措之所以能得明政府破格优待（明制，只有国师以上方有资格入贡），与张居正的支持密不可分。他派人直接携重礼见到张居正，上书一封，捡好听的说，大赞张相爷：“释迦摩尼比丘锁南坚错贤吉祥，合掌顶礼朝廷钦封干大国事阁下张：知道你的名，显如日月，天下皆知有你，身体甚好。我保佑皇上，昼夜念经。有甘州二堂地方上，我管城中，为地方事，先与朝廷进本。马匹物体到了，我和阐化王执事赏赐，乞照以前好例与我。我与皇上和大臣尽夜念经，祝赞天下太平，是我的好心。压书礼物：四臂观世音一尊、氆氇二段、金刚结子一方。有阁下吩咐顺义王早早回家，我就吩咐他回去。虎年十二月初头写。”
张居正上交索南嘉措的“礼物”予朝廷，并建议明神宗回赐这位藏地宗教首领，封其为“禅师”。所以，西藏的内附与达赖系统的形成，张居正功劳不小。
简介完张相爷的种种“好事”之余，也要谈谈他鲜为人知的政治劣迹。
其一，官员考成法虽然行之有效，但他完全把内阁阁臣的权力上升为封建王朝的金字塔尖（上面还有皇帝），科、部、院，皆成为内阁监督下的被动执行部门，朝内御史和给事中等言官完全丧失了弹劾的自由和权力，他们想论劾某人，先要向辅臣（阁臣）送揭帖，名曰“请敬”。如此一来，先前对君主权力都有拒否权和监察权的言官，顿时下降成阁臣的听命仔。
其二，张居正以整顿天下书院为名，大肆压制学生、士子的言论自由，并关闭了包括南康白鹿洞书院、吉安白鹭洲书院等多处讲学公议场所，甚至连泰州学派的思想家何心隐也在他授意下惨遭杀害。由此，以学人、士子为代表的公共言路被张居正封杀。
这两点错误作为，危害极大，流毒甚广，而且不因他本人的残废而中止。
1588年，张居正病死，明神宗亲政（时年二十）。这位贪婪怠政的帝君虽然对张居正本人不厚道之甚，但对考成法和一条鞭法仍奉行不辍。亲政仅四年，昏惰的明神宗便以“身体不好”为由怠政，朝臣们党同伐异，相互攻讦陷害，政局日紊。而后，青海蒙古部落、宁夏哱拜的回鹘种群以及播州（遵义）的土司杨应龙相继叛乱，虽最后皆被平定，但费饷困兵，搞得明政府焦头烂额。
屋漏偏逢连夜雨，正是在这种内患起伏不息之时，日本侵朝战争爆发。明政府又不得不面对外部的巨大压力。
丰臣秀吉梦想的踏板——高丽半岛
说起丰臣秀吉，现在的中国人和韩国、朝鲜人肯定交口指斥他这个大“倭寇”。笔者替他说句“好话”，当他统一了日本之后，曾经严令打击“倭寇”（日本官方也把这些沿海流窜海盗称为“倭寇”），从严从重惩治海盗。
与此同时，他给出海做正当生意的日本商人发放官方“朱印状”，保护这些做海外贸易商人的正当权益。
可能有人会问，倭人多坏，丰臣秀吉更坏，这个大倭头怎么会做出这种打击“倭寇”的好事？这种想法，近乎天真。丰臣秀吉是个政治家，统一日本之初，他想念及的，乃更大的政治经济利益。沿海倭寇对中国的窜扰，对他本人及京城大贵族没有多少利益，只给各地的大名和武士集团带来丰厚的利益。所以，从大处着眼，他当然要垄断根本对外正当贸易所带来的巨大利润以供巨大的侵略机器能够日益成熟，不会允许“小打小闹”的倭寇海盗敲金分肥。
丰臣秀吉野心颇大。早在万历六年（1578年），时为织田信长家臣的丰田秀吉就曾向主子丑表功展示心迹：“图朝鲜、窥视中华，此乃臣之素志！”到了万历十九年（1591年），丰臣秀吉已经嚣张至极，扬言曰：“我有欲统大明国之志，不日泛楼船过海，占据中华，易如反掌！”他自比日本为“弓箭锐利之国”，以大明为懦弱好文的“长袖之国”。
也就是说，日本这个一直以中华文化为母体宗主文化的国家，发展到丰臣秀吉时代，终于走出“藩夷”的心态，不仅不再视中华为“天朝”，不仅把大明当成与其对等并立的国家，而且还产生出全新的“日本型华夷意识”。
在丰臣秀吉心中，他已经以“中华”概念自居，先前以中国为主宰的亚洲册封朝贡体系，已经在他眼中消溃。
依据当时的世界政治地理，日本想入侵中国，必须以朝鲜半岛为跳板。控制了朝鲜，才有可能进攻大明朝。
起先，丰臣秀吉想以“怀柔”方式使朝鲜自动归降。万历十七年（1589年），借归还一批朝鲜叛民示好之际，丰臣秀吉致信朝鲜国王：
本朝（日本）开辟以来，朝政盛事，洛阳壮丽，莫如此日也！人生一世，不满百龄焉，仅能郁郁久居此乎！吾不惮国家之远，山河之隔，欲一超直入大明国，欲易吾朝风俗于四百余州，施帝都政化于亿万斯年者，在吾方寸中。贵国（朝鲜）先驱入朝，依有远虑无近忧乎？远方小岛在海中者，后进辈不可作容许也。予入大明之日，将士卒望军营，则弥可修邻盟。余之愿，只愿显佳名于三国而已。
朝鲜国王接信，以为丰臣秀吉这日本瘦猴吃生鱼片虫子进脑胡说八道，既没当真，也没理会，更想不到这个疯子真敢打泱泱大明天朝的主意。日本岛夷，蕞尔小国，朝鲜国王以他有限的想象力，根本意识不到倭人能有那么宏大的野心。朝鲜人对日本人的“深刻”认识，仅局限于“倭寇”而已。日本海寇自其“南北朝”时代开始，潮水般一拨又一拨侵袭朝鲜沿海地区。倭寇之乱，朝鲜先于明朝首罹其毒。李氏朝鲜建国之际，由于大明给面子承认了李成桂得位不正的政权，李氏感激涕零，得以竭尽全力抵御倭寇之患。同时，由于李朝在国内大行“科田法”，国力日强，军力日强，最终沉重打击了侵掠朝鲜半岛的倭寇。
世易时移，承平近二百年后，李朝与大明朝相仿佛，党争严重，勋旧集团与士林集团明争暗斗，内讧不已。特别可笑的是，士林集团掌权后，他们自己人又窝里斗，分裂成东人党和西人党两大派，造成巨大的内耗。所以，朝鲜朝廷对即将来临的日本入侵，根本没有任何心理准备和物质准备。
日本方面，当时还没有打“闪电战”的军事能力。