明将唐通赌气离京抵至居庸关，对李自成大军可不敢有气。三月十五日，他开关迫降。天险一失，北京城大敞四开地摆了农民军面前。
三月十六日，昌平失守。晚上，农民军前哨已经出现在城下。明朝襄城伯李国桢统三大营京兵在城外迎敌，结果，迎敌变成迎宾和迫降，他带着大批火器投入李自成“怀抱”。
如此关键时候，更为奇怪的是，北京全城所有军队，皆由太监指挥。为了讨好公公们，国家即亡的崇祯帝竟然下令礼葬魏忠贤——他亲手除去的逆阉！原因只为司礼太监曹化淳一句话：“（魏）忠贤若在，时事必不如此！”这哪挨哪儿呢？可能崇祯真的相信当初辽东胜仗确有魏公公“指挥若定”的因素吧。
李自成至城下后，派先前在宣府投降的太监杜勋入城，与崇祯帝谈判。
他开始要价根本不高，提出割西北一带予自己，立自己为王，犒军白银百万。如果崇祯帝答应条件，他就退军河南，并表示还可以为明朝内灭群贼，外遏清兵。
崇祯帝召大学士魏藻德计议，老魏深恐自己蹈陈新甲后尘，一直鞠躬俯首，始终不发一言，气得崇祯帝挥袖把他斥出。
忧懑无计之余，宦官张殷屁颠颠跑过来，说：“皇帝陛下不要愁，奴才有一妙计。”
崇祯抓住根稻草，忙问何计。
张殷说：“贼军果真入城，自可投降，肯定就没事了！”
闻言，崇祯帝差点气死，从案上抽出一剑，把张殷公公捅死在当地。这，也是他平生第一次亲手杀人。
可叹的是，北京守城士兵，仅有七八千疲卒，健锐士兵均在先前被那些派出京城到四地监军的太监们当护卫军调走。北京的宦者们人数不少，城上城下走窜着的有上万人，他们颐指气使，个个都一副领导模样。
北京守城开始之际，还有人送饭。小宦者派人胡乱到城上送去几大桶粗饭，听凭士卒以手攒食。十六日以后，送饭的人也不见了，守城士兵竟有不少饿死者。
农民军开始大规模攻城。
崇祯帝手持三眼枪，率数十名宦官在城内转悠了大半圈，均不得出城门，失望而归。
农民军攻彰义门时，监军太监曹化淳开门投降，引大军入城，齐攻内城。
回宫后，崇祯帝知道大势已去。但他还存一丝幻想。于是，他唤来皇亲新乐侯刘文炳以及驸马巩永固，想让他们带家丁护送太子及二王出城。
二人跪地哭诉：“国法素严，我们哪敢在家里私蓄武装家丁。即使把所有仆人带齐，也就几百个人，这些人平素皆不习武，何能出城逃跑时与贼军相抗？”
崇祯帝彻底失望。
无奈之下，他又召首辅魏藻德议事。老魏仍旧一语不发。
绝望的绝望之余，崇祯帝命官人上酒。痛饮数杯后，他先让皇后周氏自缢。同座的袁妃不想死，遽起离座想逃，被崇祯帝追上，数剑砍死。接着，他手提利剑在宫内自己动手杀掉嫔妃数人后，行至寿宁宫，正遇自己十五岁的长女乐安公主。
三十四岁的朱由检含泪叹息道：“汝为何生于帝王之家！”掩面朝爱女挥剑。
乐安公主一声惨叫，右臂被断，昏死于地。
接着，朱由检咬牙下手，把自己的幼女、时年仅六岁的昭仁公主也亲手杀掉，以免她日后遭人玷污。
然后，崇祯帝拉住已经吓得发傻的太子朱慈烺的手，恸哭言道：“你们今日是太子、王子（二王也在场），北京城破，你们就是百姓小民……各自逃生吧，不要恋我。朕必死社稷，也无面目见列祖列宗于地下！你们出宫后千万谨慎小心，见到做官的人，长者呼为老爷，年轻的呼为相公。如遇平民，长者呼为老爹，少者呼为老兄，呼文人为先生，呼兵士为长官……”
父子情深，崇祯帝泪下如雨，至嘱切切。
三月十八日夜，崇祯帝与太监王承恩逃上煤山（景山），四望之下，北京城内杀声一片，农民军已经入城。
叹息良久，崇祯帝写下遗言。然后，他与王承恩相对缢死于树间。大明王朝，至此落下帷幕。（崇祯自缢处说法很多，有说是衣帽局，有说是树上，皆无定论。）
王承恩大公公陪皇帝同死，其余的大小宦者皆希冀富贵，导引李自成等人入宫，并以极高效率为宫内嫔妃按像貌为标准分出三等，详写姓名于一册，呈与李自成、刘宗敏，以供二位贼头淫乐。
献门的大太监曹化淳文化高，为博“新帝”一笑，他口诵谀文：“万姓归心，独夫授首，比尧舜而多武功，迈汤武而无惭德。”
李自成并不买账，对这些公公们叱责道：“汝曹背主献城，罪应当斩！”公公们跪倒一片，好多人当时就拉尿满裆。
太监杜之秩（居庸关投降）还算脑子快，乞哀道：“奴才们承天顺命，故来孝顺。”
李自成当时心情好，没下令杀他们，叱令他们立即滚出城去。
于是，数千大小宦官，狼狈出逃。农民军的孩子兵争相上去拳打脚踏以为戏乐，群呼“打老公”。
昔日的大太监们没那么好运，不少人在随后的“追赃”中基本都被折磨死，算是报应。
至于锦衣卫方面，这些昔日滴水不漏的特务机关，皆作鸟兽散，一个不见。李自成用于宫内守卫的，是他自己的“龙衣卫”，皆是他老营将士，自己的绝对心腹。对于原先锦衣卫和东厂的中高级头目在京未逃者，李自成下手果断，整家整家予以诛杀，根除殆尽。此举，对京城百姓来讲倒是大快人心。
十九日黎明时分，得意洋洋的李自成从西长安门入紫禁城，手发三箭射承天门匾，矢失其二，仅有一箭中于“天”字下端。
牛金星一旁言道，“真乃天意，此即定鼎天下之意！”
李自成大笑。
入宫后，望见遍地鲜血，袁妃、公主狼藉于地，李自成也叹息：“皇上太忍！”
三月二十一日，崇祯与王承恩的尸体被发现，李自成等人终于心中一块大石落地。
兵卒们用两块门板把两具尸体抬至东华门荫凉处，买了两具柳木棺（仅值二十串铜钱），把帝国最有权势的两个人装了进去（一为帝王，一为首席太监）。两位爷头下皆枕以土块，尸体上蒙以草苇。不久，自杀的周皇后尸身也被放置于侧，可能有宫女细心，尸下垫以锦褥，上覆锦被。
崇祯帝尸体暴露一天后，倒是李自成兵士中有人看不过眼，撤周皇后尸身上的锦被，蒙于崇祯帝尸身之上。
二十三日上午，农民军终于从市集找来两个卖丧敛之物的商贩，有一个稍有良心的小宦者在旁，指挥他们为崇祯帝和周后的尸体穿戴靴帽。
农民军看守士兵在一旁见到崇祯帝空脚穿靴，周皇后脸上无蒙布，就问小宦者为什么这样做。
小宦者熟悉内廷典故，躬身答道：“凤不裹头，龙不裹脚。”
可叹的是，这一龙一凤，在九天之上昂首舞爪飞扬，只是一种奢侈、离奇的梦想。
明朝所有群臣中，临“梓宫”而痛哭者，惟兵部主事刘养贞一人。
三月二十四日，李自成听见东华门方向哭声大震，惊问是什么人。兵卒禀报，乃北京城内老百姓聚集，请求新朝礼葬先帝。李自成很“顺从”民意，加上心情又好，下令可以用帝礼葬崇祯，祭祀以王礼。
有李自成“口谕”，明廷的光禄寺才敢以祭礼追奠“大行皇帝”。至于昔日满朝文武，敢来祭拜者寥寥，仅有数人来观，也是远远瞻望而已。他们大多惟恐表现不佳，耽误自己在新朝的任用。
四月初三，“大顺”政权派出挑夫三十多人，轮流换肩，把崇祯帝和周皇后的尸身挑到昌平州的田贵妃墓地埋葬。由于新朝态度简慢，极其“节约”，重挖田贵妃墓的工钱都不够，当地十名士绅思恋旧主崇祯帝，凑钱“三百四十千”，勉强雇人挖开了田贵妃墓。
由于崇祯帝的薄皮棺材太过寒酸，当地的农民军监葬小官自作主张，把田贵妃外棺套于崇祯帝薄棺之外，总算凑齐一套“棺椁”。至于坊间传说李自成亲自率众将士哭祭崇祯帝说什么“我来与汝共享江山，如何寻此短见”等等传闻并以皇帝尊礼下葬崇祯的事情，皆属讹传。
首先，李自成没那种“好心肠”，其次，他缺少真正开国帝王的那种修养。
敲骨榨油的“追赃”
李自成入京后，崇祯皇帝的三个儿子很快就被抓住。这三个孩子皆着民间破烂衣服，帽子上与绝大多数北京市民一样，贴“顺民”二字。
李自成本人没儿子，看见这三个眉清目秀的玉孩儿，心中不由自主生出怜爱，安慰他们说：“你们今日即同我儿一般，不失富贵！”他立刻唤人为他们换上新衣。
这几个孩子智商很高，但他们自幼长于深宫，没有经历过世事，说话口无遮拦，回答李闯问话时，言及农民军，还一个一个“贼”字。对此，李自成也不怪。
李自成问太子朱慈烺：“知道你父亲的事情吗？”
太子：“知道，父皇崩于寿宁宫。”
李自成：“你们老朱家为什么失去天下？”
太子：“父皇误用庸臣。”
李自成闻言也笑：“你也明白这个道理。”
太子可能是平日听左右儒士教诲，恨恨地说：“满朝文武官员无情无义，很快就会来向您朝贺求官。”
李自成闻言，若有所思地点点头。对于明朝官员的贪腐，他本人感触自然不浅。