农民军兵士纷纷相聚，不少人放声大哭。确实，温柔乡太短暂了，大祸即将临头。
四月二十六日这天，李自成率残兵遁回北京。此时，大军只剩几千骑兵，步兵全部在山海关及沿途被杀。这次败兵入城后，城内大顺兵皆知末日将至，完全丧失纪律，开始在北京城内烧杀奸掠，备极惨毒。特别是北京西城一带，受害最深，被奸污后投井自杀的妇女不可胜数。
吴三桂一家不必讲，李自成入城后，第一件事就是派人把他全家三十四口尽数剐杀，一个不剩。
转天一大早，李自成即在武英殿举行正式的“登基礼”，追尊自己老李家七代皆为帝后（估计他只记得上两代）。然后他头戴冠冕，受“百官”朝贺。（李自成先前在西安已经称帝，在进京路上一直称“朕”）。
为了便于逃跑，他草草结束典礼，然后派人在城外加紧准备，当夜把北京城内宫殿及九门城楼尽数焚毁。
然后，他以郊天为名，第二天一大早就匆忙离京，向西奔逃。逃之前，农民军把皇宫宫内金器和金锭皆融铸成大饼，每饼重千金，骡载数万饼，随军而走。
混乱逃亡途中，崇祯三个儿子均于乱中走散，但李自成始终未加害他们。
北京居民见农民军败走，个个振奋，在城内搜出脚慢未走的农民军或伤兵数千，尽数杀死。
李自成闻之，大怒，立遣数千铁骑往回奔，准备入城内遍屠居民后再把城内烧成白地。恰巧，一家被杀三十四口的吴三桂率部报仇心切，率军已经杀至城南，农民军士兵不敢撄锋，即刻掉转马头奔逃，北京由此躲过大劫。
自入城到离京，“大顺”政权仅存在了四十二天。
五月二日，多尔衮率清军抵至北京。士民大喜，以为是吴三桂拥太子而至，纷纷出城摆香案迎接。结果，看见一大群清军，大家惊愕异常，但最终不得不接受残酷的现实。
至于京内昔日的明官们，看见清兵反而大都松下一口气。何者，如果是吴三桂率明军回来，肯定会清算他们“降贼”的罪名。“大清”来了，就无此忧。所以，日后劝多尔衮南下消灭残明，出谋划策的数这帮人居多，纯属民族败类。
多尔衮当然吸收李自成的失败教训，四处张榜，表示说无论是谁，只要降顺大清，官复原职不说，还要加官晋爵，新有封赏。这一来前明官员大悦，个个弹冠相庆。
李自成自北京败逃。消息传出后，各地官民知道他大势已去，纷纷起来杀掉、赶走“大顺”在当地任命的官员，靠近北京的就归顺清朝，南方地区则大多打出恢复“大明”的旗号。
此时各地的李自成部队，仍旧有数十万之多。他本人率残兵一路经太原、平阳，返掠西安，把大部队留守于山西、河南一带抵御明清联军。
回西安途中，李自成由败生恨，狰狞面目顿显，大肆杀人，只要遇士民凭城拒守，攻克后立刻屠城，鸡犬不留。
回到西安后，李自成精神萎靡，没见出他有什么宏图大略，半年时间内基本没什么大动作。
清军步步逼近。他们先在山西招降了大同的姜环，然后用大炮轰毁太原坚城。先前降李自成的这位明朝总兵再降清朝，山西差不多皆为清军所有。但在河南方面，清军在怀庆被农民军打败，使得本来正要进取南京的主力清军不得不掉头回河南。此时，如果南明小朝廷趁机攻取山东、河北，日后会大有作为。
南明诸将和朝臣短视，想坐视“贼”“虏”互攻消耗，丧失了拓地发展的大好机会。
由于主力清军杀至河南，农民军很快在灵宝被打败，急忙回撤到潼关。
年底隆冬时分，清军源源不断向潼关外增兵。双方自十二月二十九日激战，打了十几天，互有胜负，在喊杀和血拼中度过了1645年的春节。
1645年正月十二日，守潼关的李自成部将马世耀献关投降。转天，他与七千名农民军均被集体屠杀。
困愁于西安的李自成闻讯灰心，西北看来是呆不住了，南逃有张献忠政权在四川堵着，只能再去河南、湖广。只要能消灭南明政权，自可拥有半壁河山。
临撤退时，他下令部将田见秀把西安城内所有建筑和仓库烧毁。幸亏这位田将军还算有人性，只点燃了东门楼和南月城楼，为西安百姓留下了御寒的房屋与粮食。
李自成撤退途中回望西安城中烟火冲天（两个城楼着火），以为田见秀完成任务，这才满意地放心而去。由此可见，这位“起义领袖”，本性是多么不仁道。
李自成逃离西安，原先西北地区的明朝降将纷纷降清。白广恩、马科、郑嘉栋等前明总兵纷纷成为满服辫发的“大清”将领。整个西北，只有榆林的高一功是李自成旧部，坚守不降。
从西安逃离时，李自成手下仍有十三万之多。依理，如果他急速行军，抢在清军之前杀往南京，最起码可以把东南一带富庶地区占为己有。但不知为什么，李自成走到河南内却耽误了不少时间，估计是临行前士兵们拖家带口拉金银，严重拖慢了行军速度。
不久，清军阿济格部逼近，农民军在三月中旬往湖北方向逃窜。清军边追边打，共交手八次，每次均以“大顺”军告输为结果。
李自成部队打不过清军，却渡过长江在荆河口大败左良玉部明军，吓得这个一直“养寇自重”的军阀率部移向南京。他借“北来太子案”为由，要找弘光小朝廷算账。大敌当前，他不思同仇敌忾，反而与自己人“窝里反”，左良玉的人品可见一斑。
这样一来，“大顺”回光返照，武昌、襄阳均落入李自成之手。他集军二十万，准备攻取南京。
清军没有给李自成机会，未等农民军喘息，已经追至武昌。李自成只得弃城接着逃。
四月下旬，在江西九江附近的一次大战中，农民军大败，数万人被杀，李自成的两个堂叔以及大将刘宗敏皆被俘后剐杀，“活神仙”宋献策也投降了清军。
此前，“大顺”的“宰相”牛金星见势不妙，悄悄溜走，跑回儿子牛佺处躲避。由于牛佺降附清军并被任命为黄州知府，没人追究牛金星过去“助贼”的事情，牛老爷子善终于家。满清朝廷中也有汉官惦记他，先后有两名给事中上疏多尔衮，要求清廷逮捕牛金星这个流贼宰相，把他父子处斩。多尔衮不同意，斥训道：“流贼伪官，真心投诚者多能效力，此奏殊不合理！”如果不是牛金星在李自成“朝中”官阶太高，如果不是怕惹起前明官员反感，说不定满清还会给他大官作。
湖北、江西等地大败，农民军消耗极大，李自成身边仅剩下万把人。这时候，清军多铎部已经自河南商丘和安徽泗州分头行军直扑南京，东下水路因无船也走不了，李自成只好掉回头往西南方向跑，想穿越江西西北部转战湖南。反正流贼当惯了，逃跑对他来说不是一件辛苦事儿。
五月初四这天，农民军大队人马行至湖北通山县境。李自成命令手下军人就地扎营造饭。他胡乱吃了几口，就率二十八名亲兵在附近九宫山一带转悠，一来消遣愁绪，二来察看地形。
附近的山民听说有贼人到，而且人数不多，只有数十骑，就纠集了数十人来杀。这些农民，后来被极左御用文人们描绘成“地主团练武装”，完全是瞎掰，他们其实都是老实巴交的农民，多年遭流贼之害，一直怒气满胸。
最重要的是，他们根本不知道有数千农民军在附近，只以为是一股几十人的流窜贼军，故而有胆上来厮杀。如果他们知道对方其中一人是“大顺皇帝”，如果他们知道附近有数千“贼军”，吓死他们也不敢出头。
结果，李自成正在欣赏雨后青山绿水的风景，山上的村民突然出现，纷纷抛举大石往下砸。李自成坐骑受惊，人马立刻惊散。
仓猝之间，李自成拍马就跑，与手下二十多人完全失散。逃到牛背岭，慌不择路，又遇山间小气候的滂沱大雨，李自成坐骑陷于泥中走不动，他只好下马牵坐骑深一脚浅一脚前行。
农民程九伯见李自成一人，又有匹好马，勇心百倍，嗷的一声蹿出来。李自成毕竟百战大将，反应自然灵敏，就徒手与手持锄头来杀的程九伯格斗起来。
两个人一打，程九伯当然不是李自成对手，被对方骑在身下。李自成压住程九伯，回手抽刀，但刀鞘中因雨水沾泥，一时间拔不出刀来。
此刻，程九伯外甥金二狗赶到，他见舅舅被一个大汉骑在身下要挨宰，情急之下，抡起铁铲冲李自成砍去，忽的一声，一下子削去“大顺皇帝”半个脑袋。
至此，舅甥二人欢欢喜喜，不顾李自成血流烂白脑浆泛滥的尸体，牵马而去。
后来，李自成余部被活捉，地方官府知道了山间的尸体乃李自成，就多次到山中晓谕，表示说杀李自成者受大赏。
程九伯起初不敢自认，后来听说李自成的样子和被杀地点与自己当天所遇一模一样，才大着胆子出山“认功”。由此，他不仅获赏银千两，还得到清朝总督的“亲切接见”。这时候，程九伯才由山民变为“地主阶级”。
一下岗驿卒死于一农民之手，结局充满了隐喻般的黑色幽默。
李自成残部刚刚吃饱饭，跑回的一个卫兵哭诉“万岁爷被乡民杀死”，一时间农民军满营痛哭。然后，他们化悲愤为力量，这数千农民军在附近州县毁庐杀人无数，以泄痛愤。