他派遣鸿胪卿吴侯去安抚李成栋，告诉他不必面君。
李成栋一片赤诚，对此一无所知，直到他见到在朝中任官的义子李元胤，才知道自己被马吉翔冤枉的实情。为此，他叹息说：“我初归附国家，诣阙面君是正常的礼节。此次出行，誓死岭北！我只想与皇上辞别，交付公卿大臣后事，不想小人辈汹汹如此，恨吾不能剖心示诚，坐受无君之谤，徒以血肉付岭表耳！”
行至三水，永历使臣驰至，仍敕其不得入朝。李成栋望阙大恸，就地拜辞。然后，他从清远顺流而去。临行之时，他长叹道：“吾不及更下此峡矣！”
清军方面，在中原聚集满、蒙、汉大军数万人，一支军由孔有德、济尔哈朗指挥，逼向湖广；另一支军由谭泰、尚可喜、耿仲明率领，直扑江西南昌。
1649年3月1日（永历三年），南昌陷落，金声桓失败。他杀妻子，焚厩舍，自刎而死。王得仁与清兵巷战，死于战场。湖南的明将何腾蛟不久被清军俘获，于湘潭就义。
李成栋提兵北上，屡战屡北。也真是天不祚明，当他为清朝从北往南打杀时，一路势如破竹。反正以后，由南往北打，他却连连败绩，十多万大军沿路伤亡殆尽。
1649年4月，南昌金、王两人败亡后，赣州的清将高进库再无北顾之忧。于是，他聚集全部精锐部队，在江西信丰大举进攻李成栋。
鏖战一天，李成栋部下大将多死。士卒溃逃，粮食又吃完，处境十分不妙。丧败之余，部下将领请李成栋退师，寻找机会再图重兴。
已经十分绝望的李成栋索酒痛饮，投杯于地，大言道：“吾举千里效忠迎主，天子筑坛以大将拜我，今出师无功，何面目见天子耶！”言毕，他竟不带随从，控马持弓渡水，直冲清军大营。
估计加上饮酒过量，伤心欲绝，李成栋竟于中途摔入水中，遇溺而亡。由此，这位刽子手名将终于结束了他令人费解、充满杀戮、反反复复、又不失波澜壮阔的一生。
讣闻，南明朝廷震悼，赠太傅、宁夏王，谥忠烈。
值得交待的，还有李成栋养子李元胤。李元胤，字元伯，河南南阳人，原本是儒家子弟。李成栋为盗时掠良家子，就养以为子。自少年时代起，李元胤一直跟随李成栋出生入死，但他稍读书，知大义。由于读过书，他心计密赡，饶有器量。李成栋降清时，李元胤怏怏不乐。日后李成栋反正，李元胤绝对是劝成首功之人。佟养甲被胁迫降南明后，这位汉奸一直郁郁寡欢，暗中与清廷联络，准备内应反攻明军。佟养甲的信使为李成栋所获，恨得李成栋想马上杀掉这位老上司。李元胤劝李成栋说，一定要先禀永历帝后再杀佟养甲，不可专杀这么高级别的降将。李元胤自到佟养甲处，假意告知说朝廷派他屯军梧州。佟养甲大喜，本来他一直装病，听说有命派他外镇，觉得终盼蛟龙入海之日，忙带亲兵上船，沿河而下。李元胤奉永历帝手谕，于半路邀击，遍杀佟养甲及其亲丁数百。
李成栋战死后，永历帝仍旧信任李元胤。明将杨大甫屯居梧州，常常劫掠行舟，杀戮往来军使抢夺贡物。李元胤上疏，请永历帝召杨大甫入见，趁机诛杀这个跋扈将领。于是，君臣饮酒之间，永历帝诘责杨大甫。这位桀骜的武将竟想趁势劫持永历帝。一旁侍饮的马吉翔等人立刻趁乱跑掉。李元胤不慌不忙，他在后一脚把杨大甫踹个大马趴，把这位爷逮住并缢杀于船外。
永历四年，清军攻梅岭，明将罗成耀弃南雄逃跑。见南明时势已去，罗成耀暗中约降清军，想攻取肇庆先立个功。永历帝知悉此情，忙派李元胤乘间杀掉这个国贼。李元胤平时和罗成耀关系不错，就相约游船饮酒。舟泛中流，李元胤忽然把正在绳床上忽悠的罗成耀掀翻在地，以利刃一刀结果了这个叛贼。众人大惊，李元胤不慌不忙，以皇帝手敕示众人：“有诏斩罗成耀。”然后，他“移尸涤血，行酒歌吹如故。”可见，李元胤三斩叛将，决机俄顷，有忠有智有勇，确是一个人才。
不久，永历帝逃跑，李元胤孤军守肇庆，领独军于西南驿击败清军。由于永历帝及一帮臣下各自鼠窜，李元胤最终孤军不支，被清军重围于郁林。绝望之下，李元胤穿上大明朝服，登城四拜，哭叹道：“陛下负臣，臣不负陛下”，言毕自刎而死。从此，广东重又尽陷于清军之手。
至此，诸师沦亡，南明昙花一现的大好时光终于过去。
1650年年底，桂林城陷，瞿式耜殉国。
永历帝逃至南宁后，受制于权臣孙可望。而后，虽有李定国等忠臣义士相拥，仍南明因朝中奸臣当道，四面交困。
苟延残喘了十二年之久，历尽艰辛，逃过百死，永历帝最终为缅甸人出卖，交给了大汉奸吴三桂。
永历十六年阴历四月十五日（康熙元年，公元1662年），永历帝朱由榔被吴三桂以弓弦绞死于昆明箅子坡，时年四十岁。南明灭亡。
明末清初的大名士吴伟业有《圆圆曲》一诗，其中妙笔生花，极力铺陈，把“白皙通侯最少年”的青年将军吴三桂和“前身合是采莲人”的美貌歌姬陈圆圆的情事婉婉道来。但是，笔者估计真能看完全篇长诗的人不多，其中流传最广的也只有一句：“冲冠一怒为红颜”，前因后果，当时现在没有多少有心人真正琢磨。
其实，吴伟业这首长诗，极尽揶揄挖苦之能事，特别是后面四句：“妻子岂应关大计，英雄无奈是多情。全家白骨成灰土，一代红妆照汗青！”简直就是神来之笔，诛心之句：吴三桂因一貌美年轻歌妓背父弃君。这样，石河大战之后，气急败坏的李自成在秦皇岛范家店当即虐杀了一直押在军营当人质的吴三桂之父吴襄。可以想象，刚刚损失数十万精兵的大顺军会怎样怀着刻骨仇恨“伺候”这位吴老爷！逃回北京后，李自成仍旧笼罩在自身败怒狂极的情绪中，把吴三桂全家三十八口寸磔而死。吴三桂以剃发背国、全家成灰的代价，换来“一代红妆照汗青”，字里行间，刀笔戳入心肺骨髓，吴伟业已把吴三桂一生事业盖棺论定。
从明末清初这段历史，可以见出有三个爷们拍案而起跟“红颜”有关：首先是心机叵测的吴三桂，冲冠一怒“为”红颜；其次是董御史强索宠爱歌妓而按捺不住的王得仁，冲冠一怒“惜”红颜；最后就是本文的主人公李成栋，冲冠一怒“报”红颜。而且后两位始终如一，先前是卖身投靠，为清廷鹰犬。但是，他们起事反正后，一心一意为明朝忠臣，孤忠可鉴，死而后已，确实不辜负“红颜”。这两个人，于家于国，于忠于义，可谓忠直不移，令人扼呃嗟叹。他们的兴兵，真正是个堂堂正正的爷们儿所为！
为了使本文层层剥茧，给永历帝和那位先与“红颜”搭上干系的吴三桂一个交待，我们再回溯至那凄风苦雨的1662年，即清康熙元年，南明永历十六年。
十六年来，艰难苦恨繁双鬓，南逃北亡一游龙，刚届不惑之年的永历帝朱由榔已经落入吴三桂之手。他对这位昔日的大明良将，仍抱怀有一丝天真的幻想。雨中黄叶树，灯下白头人，永历帝满怀凄怆，提笔作书，字字血泪，在纸上写道：
将军本朝之勋臣，新朝之雄镇也。世膺爵秩，藩封外疆，烈皇帝（崇祯）之于将军可谓甚厚。……朕自登极以来，一战而楚失，再战而西粤亡。朕披星戴月，流离惊窜，不可胜数。幸李定国迎朕于贵州，奉朕于南（宁）、安（隆），自谓与人无患，与国无争矣。
乃将军忘君父之大德，图开创之丰勋，督师入滇，犯我天阙，致滇南寸地曾不得孑然而处焉。将军之功大矣！将军之心忍乎？不忍乎？朕用是遗弃中国，旋渡沙河，聊借缅国以固吾圉。出险入深，既失世守之江山，复延先泽于外服，亦自幸矣。迩来将军不避艰险，亲至沙漠，提数十万之众，追茕茕羁旅之君，何视天下太隘哉！岂天覆地载之中，竟不能容朕一人哉！岂封王锡爵之后，犹必以歼朕邀功哉！第思高皇帝栉风沐雨之天下，朕不能身受片地，以为将军建功之能。将军既毁宗室，今又欲破我父子，感鸱鸮之章，能不惨然心恻耶？将军犹是中华之人，犹是世禄之裔也。即不为朕怜，独不念先帝乎？即不念先帝，独不念二祖列宗乎？即不念二祖列宗，独不念己身之祖若父乎？
不知新王何亲何厚于将军，孤客何仇何怨于将军？彼则尽忠竭力，此则除草绝根，若此者是将军自以为智，而不知适成其愚。将军于清朝自以为厚，而不知厚其所薄，万祀而下，史书记载，且谓将军为何如人也。朕今日兵单力微，卧榻边虽暂容鼾睡，父子之命悬于将军之手也明矣。若必欲得朕之首领，血溅月日，封函报命，固不敢辞。倘能转祸为福，反危就安，以南方片席，俾朕备位共主，惟将军命。是将军虽臣清朝，亦可谓不忘故主之血食，不负先帝之厚恩矣。惟冀裁择焉。
没落帝王，流离龙子，低首乞哀，字字有血，笔笔带泪，言中辛酸委屈，铁石心肠之人也会有所触动。不仅仅是哀求一己之生，永历帝也从吴三桂自身着想，一针见血指出：“将军自以为智，而不知适成其愚，自以为厚，而不知厚其所薄！”试想，连对家门世受其恩禄的旧主都肯斩尽杀绝、不留一丝情面的人，新主子满清统治者在“赞叹”之余，内心深处真的不会起疑心吗？而且，万世千秋，史有传书有载，当以吴三桂为何如人也！